جبهه مقاومت به رهبری احمد مسعود از همان ابتدا یکی از جریان‌های مهم شورای موسوم به مقاومت ملی بود و نقش مهمی در تصمیمات شورا، سفرها، دیدارهای مخفیانه با سازمان‌های استخباراتی منطقه و جهان و تحولات اخیر ایفا می‌کرد. با این حال، در این شورا افرادی چون عطا محمد نور و دوستم نیز حضور داشتند که اختلافات و کینه‌های عمیقشان با احمد مسعود هنوز پابرجا است.
یافته‌های صدای‌هندوکش نشان می‌دهد که احمد مسعود بر این باور است که تمام رهبران پیشین جمع‌آوری شده در شورا، به تعبیر او «تاریخ گذشته» هستند و دیگر شایستگی این را ندارند که در مسئله افغانستان به حساب آورده شوند. اما عطا محمد نور و دوستم او را به عنوان «فردی متکبر، خودخواه، بی‌احترام و افتاده» می‌نگرند. هر دو طرف به دلایل دیگری نیز به شدت نسبت به یکدیگر سوءظن دارند تا جایی که این سوءظن به یک حقیقت تبدیل شده است.
به نقل از منابع صدای‌هندوکش، چندی پیش فضل احمد معنوی که عضو شورای رهبری جبهه مقاومت و یکی از چهره‌های برجسته آن بود و همچنین عضویت در شورای مقاومت را داشت، در جلسه شورا توسط عطا محمد نور به دلیل اتهام جاسوسی برای طالبان، با سوالات سخت و عقده‌ای مواجه شد، با وجود اینکه فضل احمد معنوی در مورد خود توضیحاتی ارائه داد، اما تردیدهای عطا محمد نور همچنان پابرجا بود و نزدیک به دو ماه پیش بالاخره فضل احمد معنوی را مجبور به ترک شورا کرد.
پس از آن، در اقدامی ناگهانی و تعجب‌آور جبهه مقاومت و حزب جمعیت به رهبری صلاح‌الدین ربانی (رقیب عطا محمد نور) قطع ارتباط خود را با مجمع ملی اعلام کردند، اما به طور نانوشته تمام روابط خود را نیز با جبهه مقاومت قطع نمودند. با وجود اینکه جبهه مقاومت و اسماعیل خان به طور آشکار قطع ارتباط خود را با شورا به سایر اعضای آن اطلاع نداده‌اند و به عبارت دیگر هنوز اعضای شورا محسوب می‌شوند، اما چندی پیش در سفر هیئت شورای مقاومت به ایران به رهبری محقق، هیچ نظر و مشورتی از جبهه مقاومت و اسماعیل خان گرفته نشد.
علاوه بر این، تنها دوست باقیمانده احمد مسعود در شورا، یعنی حضرت علی که از قبل در ایران حضور داشت، در جریان قرار داده نشد و هیچ مشورتی با او صورت نگرفت. این اقدام با انتقادات شدید حضرت علی مواجه شد و در عین حال آن سفر فوری احمد مسعود به ایران انجام گرفت که این اقدام به نوعی اعتراض و واکنش به شورای مقاومت تلقی شد.
جدیدترین یافته‌های صدای‌هندوکش نشان می‌دهد که شورای مقاومت حضرت علی را در لیست احمد مسعود، صلاح‌الدین ربانی و اسماعیل خان قرار داده است و ممکن است به زودی با استفاده از سیاست انزوا، او را مجبور به ترک شورا کند.
لازم به ذکر است که شورای مقاومت در حال حاضر جبهه مقاومت به رهبری احمد مسعود، گروه جمعیت به رهبری صلاح‌الدین ربانی و اسماعیل خان را رقبای اصلی خود می‌داند و اختلافات بین آنها رو به افزایش است. هیئت شورای مقاومت که در آینده نزدیک به پاکستان سفر خواهد کرد، نیز شکل رقابتی در برابر احمد مسعود، صلاح‌الدین ربانی و اسماعیل خان خواهد داشت.
